Egy a Galaktikus Szövetségi űrbe érkezett, Sith harcosokkal teli hajó elpusztítása során halálos fenyegetés tárul fel: titokban fegyvernek kitenyésztett Erő-használó klónok szabadultak el, akik nem tesznek különbséget világos és sötét oldal között. Súlyosbítja a helyzetet, hogy a klónoknak nincs vesztenivalójuk, mert genetikai hibáik miatt halálos betegség és őrület gyötri őket. A Jedi mester Jaden Korr a klónok üldözésére indul, és bár reménykedik a meggyógyításukban, felkészült az elpusztításukra is. Tudtán kívül Sith ügynökök járnak a nyomában, akik nem csupán a klónokat akarják megszerezni uruknak, de Jaden elfogása is a feladataik közé tartozik. Élet-halál harca során Jadennek szembe kell néznie a sokkoló valósággal, amely alapjaiban rázza meg világát és a kérdéssel, hogy mi tesz valakit emberré és Jedivé...